Ce musée est l’un des plus importants musées scientifiques de l’Italie. Il se compose de plusieurs sections, qui ne sont pas encore toutes rassemblées en un seul endroit mais dont la réunification est désormais envisagée. On trouve ainsi le secteur de zoologie, d’anthropologie et ethnologie, de botanique, de géologie et paléontologie, de minéralogie et lithologie et enfin le jardin des plantes. Le musée rélève de l’Université de Florence et il est donc situé en partie rue du Proconsolo et en partie rue La Pira.
Le musée d’histoire naturelle a été créé selon la volonté du grand-duc de Toscane Pietro Leopoldo en 1775, et il n’a pas cessé de s’agrandir: aujourd’hui, ses vastes collections comprennent presque huit millions d’exemplaires, des insectes et des plantes jusqu’aux éléphants fossiles du Valdarno, la zone autour de la ville.
Signalons l’exemplaire d’Amorphophallus titanum, la plante avec la fleur la plus grande au monde. En outre, signalons pour leur beauté les pièces des anciens Aztèques.