Observons maintenant la basilique elle-même. Il ne reste, en surface du moins, rien de visible de la basilique constantinienne des origines. Elle fit l’objet de nombreuses restaurations, et son instabilité était de plus en plus forte. C’est pourquoi le pape Nicolas 5 décida de la démolir au 15ème siècle, sur les conseils du grand architecte Florentin Leon Battista Alberti. Il confia sa reconstruction à l’architecte florentin Bernardo Rossellino. Mais la mort du pape en 1445 annula le projet. Il faudra attendre 1506 pour que le Pape Jules 2, grand guerrier et grand mécène de la Renaissance, décide d’en poser la première pierre. Les plans du nouvel édifice furent confiés à un architecte déjà célèbre à l’époque : Donato Bramante. Celui-ci imagina un édifice en croix grecque, c’est-à-dire de plan carré, avec quatre bras de longueur égale, le tout couvert au centre d’une grande coupole. Mais Bramante meurt en 1514, et n’a pas le temps d’élever autre chose que les piliers intérieurs et les arcs de la coupole. Différents architectes lui succèdent, dont le jeune génie Raphaël, qui meurt à son tour rapidement, sans avoir eu, hélas, le temps de faire évoluer le chantier. C’est finalement Michel Ange qui, en 1546 et à 72 ans, reprend la direction des travaux. Il conserve le plan original de Bramante, dont il admirait le talent et considérant que, « s’écarter de Bramante, c’est s’écarter de la vérité». Il conçoit une nouvelle coupole, très audacieuse pour l’époque. Elle culmine à 132 mètres 50, et, à la différence de la grande coupole de la cathédrale de Florence, ses arêtes, ou arcs de soutien, sont placés à l’extérieur, et non pas à l’intérieur, comme il était alors d’usage. C’est la première coupole de ce genre : elle servira souvent de modèles à d’autres architectes. Pour se faire une idée de son gigantisme, pensons que plusieurs personnes pourraient tenir aisément dans la boule à son sommet. Michel Ange meurt avant de voir sa coupole achevée. Les travaux seront donc terminés entre 1588 et 1590, par les architectes Domenico Fontana et Giacomo Della Porta. Ces travaux coûteront cher, très cher, financièrement certes, mais aussi politiquement. En effet, l’argent nécessaire à leur accomplissement sera fourni par des sources diverses et pas toujours très dignes. Ainsi, des sommes importantes seront tirées du trafic des indulgences. Les indulgences étaient le moyen commode de racheter ses fautes en payant une amende à l’Eglise. Une pratique qui prit donc une ampleur excessive avec la reconstruction de Saint-Pierre. Certains s’en formalisèrent comme Martin Luther, en Allemagne. La querelle qui s’ensuivit fut à l’origine de la Réforme protestante. Un prix décidément bien lourd à payer pour l’Église catholique.