Pendant les Guerres de Religion, l’île de Ré, liée à La Rochelle, s’impose comme une des places fortes du protestantisme. Par-delà la nécessité de contrôler la région, c’est aussi les tensions avec l’Angleterre et le risque d’une invasion maritime atlantique qui poussent Vauban à en reprendre le système défensif en créant, notamment, la Citadelle et les remparts de Saint-Martin de Ré. Par-delà, c’est tout le village, y compris l’église Saint-Martin, qui a été fortifié. Transformée en lieu de rassemblement des forçats au XVIIIe siècle, elle accueille ensuite les bagnards en partance pour la Guyane ou la Nouvelle-Calédonie, et notamment Alfred Dreyfus. Une partie de la Citadelle sert encore, aujourd’hui, de maison d’arrêt.